Gestire una matrice o array di array è semplice come gestire un array.
Ecco un esempio molto semplice:
var matrice=new Array();
matrice[0][0]="primo array,primo elemento";
matrice[0][1]="primo array,secondo elemento";
matrice[1][0]="secondo array, primo elemento";
matrice[1][1]="secondo array,secondo elemento";
alert(matrice[1][0]);
Stampo in un alert "secondo array, primo elemento".
Buon Web